Μπορεί τυπικά ο ΕΟΠΥΥ να έχει έσοδα από τις εισφορές για την ιατροφαρμακευτική περίθαλψη των ασφαλισμένων του, τα χρήματα όμως στην πραγματικότητα δεν φτάνουν ποτέ στα ταμεία του Οργανισμού. Περίπου στα 600 εκατ. ευρώ υπολογίζονται από το 2012 μέχρι και σήμερα, σύμφωνα με πληροφορίες από τη διοίκηση του ΕΟΠΥΥ, οι ανείσπρακτες εισφορές, οι οποίες έχουν μεν κατατεθεί στα ασφαλιστικά ταμεία, αλλά δεν έχουν αποδοθεί στον Οργανισμό, με αποτέλεσμα να καθυστερούν οι πληρωμές προς τους ιδιώτες παρόχους υγείας.
Σύμφωνα με τη διοίκηση του Οργανισμού, οι ασφαλιστικές εισφορές χρησιμοποιούνται ως επί το πλείστον για να καταβληθούν οι συντάξεις, με συνέπεια τα βασικά έσοδα του ΕΟΠΥΥ- πέραν του κρατικού προϋπολογισμού- να εμφανίζονται μονίμως ελλειμματικά. Το φαινόμενο αυτό μάλιστα της μη απόδοσης των εισφορών υφίσταται ήδη από την πρώτη ημέρα λειτουργίας του ΕΟΠΥΥ. Όπως δείχνουν τα στοιχεία, τα μεγαλύτερα χρέη διατηρούν το Ενιαίο Ταμείο Ανεξάρτητα Απασχολούμενων (γιατροί, δικηγόροι, μηχανικοί) καθώς και ο Οργανισμός Ασφάλισης Ελεύθερων Επαγγελματιών.
